杂质分离纯化的难点主要体现在以下几个方面：

1. 目标物质和杂质的物理化学性质相似：如果目标物质和杂质的物理化学性质相似，那么将它们分离出来就会非常困难。例如化合物熔点、沸点、极性等性质相近，分离就会更加困难。

2.杂质的数量较多：如果杂质的数量非常多，可能需要反复使用多种分离纯化技术才能够解决杂质问题。长时间的分离纯化过程会使得使用的技术和设备不断变化，可能需要进行不同的操作过程，会带来很大的操作复杂度。

3. 分离纯化成本高：杂质分离纯化需要大量的时间和精力，并且需要使用比较昂贵的仪器和试剂。这些因素都会导致分离纯化的成本很高，因此需要有效降低生产成本。

4. 杂质的化学性质非常复杂：某些杂质可能比目标化合物的化学性质还要复杂，这意味着分离纯化的难度会进一步增加。在这种情况下，需要使用更加精细的分离纯化技术，并且在对于杂质特性的分析和评估方面需要更加谨慎和深入。