药物杂质定制的流程大致包括以下几个步骤：

1. 确定定制需求和目标。确定所需的定制服务类型、细节和考虑因素，如何控制和避免杂质产生等。

2. 合作单位选择。选择可靠、有资质、有相关经验的合作单位或实验室，在双方进行必要协议和合同签署同时，交代清楚定制的目的，具体要求以及限制等细节，如样品数量、杂质类型、检测标准、时间要求等。

3. 样品准备。样品需按照约定的数量和质量准备并交给合作单位。对于较特殊或对人体较危险的样品，需双方协商个别的样品运输和处理事宜。

4. 实验室检测。合作单位将样品送入实验室进行有关的检测和分析，通常包括有机杂质、无机杂质、微生物和生物质等。根据样品的检测结果，实验室可以用不同的技术分析结果，在必要时还需要进行数据处理和分析。

5. 报告编写。实验室对样品进行全面分析和评估后，编写详细的检测报告，包括有关杂质检测、定量分析和结论等，并将报告交还客户。

6. 反馈和后续处理。客户收到检测报告后，可根据合同约定对报告进行必要的反馈和修改，同时可用于和药品监管机构等其他相关方面沟通。

以上是药物杂质定制的一般流程。不同的合作方可能会有不同的变化和细节注意内容，但总体来说，这些步骤是不可忽略的。